Infektionssygdommes epidemiologi er et af afdelingens centrale forskning sområder og involverer både deskriptive undersøgelser, metodologiske studier af transmission og forskning i akutte og kroniske effekter af infektion. Infektiøse agenter af speciel interesse er virale infektioner i barndommen, Epstein-Barr virus og andre herpesvirus, RSV, hepatitisvirus, human papillo mavirus og retrovirus (HIV-1, HIV-2, HTLV-1). Derudover fokuserer større igangværende studier på emner relateret til spredningen af fødevarebårne sygdomme, diarré-sygdomme, og øvre og nedre luftvejsinfektioner.